« Éruption » est un emprunt au latin « eruptio » (1355) qui avait le même sens et désigne une émission brusque, principalement une « apparition de lésions cutanées » ou un « jaillissement de matières volcaniques » (« Petit Robert »).
« Irruption » est un emprunt à un autre nom latin, « irruptio » (1495), qui appartient à la famille étymologique de « rompre » ; il signifie « entrée de force » ou « invasion » dans un lieu, dans un pays.
À l’origine en français, « éruption » avait le sens d’« irruption », puis les deux noms ont divergé avec l’irruption du second. Cependant, l’idée de manifestation soudaine et incontrôlée a maintenu leur relation, favorisée par la parenté de leur forme.
À l’oral, la confusion entre les deux a un effet comique assuré, parfois involontaire : « il a fait éruption dans la salle » ou « Le Piton de la Fournaise a encore fait une irruption » (bien qu’il s’agisse d’un volcan effusif).